市环境保护局设6个职能科室。

（一）办公室（财务科）

组织协调局机关日常工作；负责机关行政后勤、计生、文电、会务、督办、机要、保密、档案、政务公开等工作；负责局机关和直属单位的人事管理、机构编制等工作；承办协管县市区环境保护部门负责人的有关事项；负责局机关离退休人员的管理服务工作，指导直属单位离退休人员的管理服务工作；负责局机关并监督直属单位财务、国有资产管理工作；管理排污费的征收工作。

（二）污染控制科

承办大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车污染防治规划实施并进行监督；组织实施排污申报登记、城市环境综合整治定量考核等制度；组织编制环境功能区划和环境保护规划；组织拟定并监督实施全市重点区域、流域污染防治规划和饮用水水源地环境保护规划；协调、审核环境保护专项规划；提出环境保护领域固定资产投资规模、方向和市级资金安排意见；负责创建国家环保模范城市工作；组织指导城镇的环境综合整治工作；组织实施跨界河流断面水质考核等环境管理制度；承担省南四湖、东平湖环境管理委员会办公室和省南水北调东线工程治污工作领导小组办公室有关泰安市域内的具体工作。

（三）监督管理科（自然生态保护科）

承担规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价工作；承担对超过污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的地区，暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目的环境影响评价文件的工作；拟订生态保护规划并组织实施；组织实施《泰安生态市建设总体规划》，负责生态市建设工作目标责任书工作，承担市生态市建设工作领导小组办公室的具体工作；负责全市农村生态环境保护的综合管理；组织指导农村的环境综合整治工作；监督、指导秸秆禁烧与综合利用、畜禽养殖污染防治工作；负责生态县、环境优美乡镇、文明生态村创建工作；组织评估生态环境质量状况；组织对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作进行监督；向市政府提出建设各类国家级、省级自然保护区申报、审批建议，监督管理市级自然保护区；监督各种类型的自然保护区、风景名胜区、森林公园的环境保护工作；监督、指导湿地环境保护、野生动植物保护工作；监督生物技术环境安全，牵头生物物种（含遗传资源）和生物多样性保护工作。

（四）科技监测科

贯彻落实国家、省环境监测制度和规范，组织实施环境质量监测和污染源监督性监测；组织对环境质量状况进行调查评估、预测预警；组织建设和管理全市环境监测网和环境信息网；建立环境质量公告制度，统一发布全市环境综合性报告和重大环境信息；承担环境保护科技工作；管理环境保护科研项目和科技成果；指导和推动环保产业发展；参与指导和推动循环经济发展；负责督促企业开展强制性清洁生产审核并实施监督；承办有关环境保护国际条约的履约工作；参与处理涉外环境保护事务；管理全市环保系统对外经济合作，协调与履约有关的利用外资项目；承担有关外事工作；负责辐射安全监督管理；拟订辐射安全规划、计划；参与核事故应急处理；负责辐射环境事故应急处理工作；监督管理放射源和射线装置安全；监督管理核技术应用、电磁辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治；负责放射性废物、危险废物、医疗废物管理工作。

（五）法制宣传科

起草环境保护地方规范性文件；组织环境保护法规、规章及政策的实施；组织开展环境保护执法检查活动；承担局机关综合性材料的起草和规范性文件的合法性审核工作；承担局机关行政复议、行政应诉等工作；指导全市环境保护普法工作；组织开展环境保护宣传教育工作。

（六）环境安全应急管理科

承担环境安全应急日常管理工作；负责组织编制、修订全市环境安全应急预案并组织应急演练；负责环境应急信息通报，组织开展应急预警工作；牵头协调环境污染事故和生态破坏事件的调查处理；指导、协调各县（市、区）重特大突发环境事件的应急工作；负责应急处理处置设施建设和运行的监督。